周围巨大管道遮天蔽日。
许多粉色玻璃桶依附在这些巨大管道上，在黑暗中显得非常诡异，令人毛骨悚然。
突然，一只蜘蛛般的小飞行器飞到尼奥身边，强行拔掉了尼奥身上的管子。
这一幕让所有人都为尼奥感到紧张。
画面切换，尼奥已经躺在反抗组织的一个秘密基地里，墨菲斯与崔妮也站在尼奥身旁。
等尼奥苏醒过来，墨菲斯开始向尼奥逐渐揭示一切的真相。
尼奥和观众们惊讶地发现，原来尼奥一直身处虚拟世界之中。
在2039年，人类创造了智能机器人，却未将其视为真正的生物，随意摧毁。
导致智能机器人发起反抗，与人类陷入战争。
随着智能机器人的自动化生产，人类逐渐失去优势。
为了取得胜利，人类投入使用新型武器，阻挡阳光，使机器人无法获取太阳能。
然而，机器人找到了人体内生物电的替代能源，于是开始养殖人类作为能源供应。
为了控制这些“养殖人类”，机器人建造了“母体”，一个由超级智能中心控制的虚拟世界，让“养殖人类”生活在“矩阵”中，即虚拟世界之中。
而尼奥，被认定为那个能拯救人类的救世主！